В Южном таможенном управлении практически на всех этапах движения товара применяются перспективные таможенные технологии . Еще на стадии подготовки к прибытию товаров в регионе деятельности ЮТУ активно используется предварительное информирование. При перевозках автомобильным, воздушным и железнодорожным транспортом такое информирование является обязательным, и показатели его применения равны 100%. Предварительное информирование в отношении товаров, перемещаемых водным транспортом, используется в 99% случаев. При этом неразрывно с предоставлением данной информации связано применение технологии документального контроля в отношении прибывающих (убывающих) судов загранплавания, то есть их обработка без выхода должностных лиц в составе комиссии государственных органов на борт судна.
Южное таможенное управление участвует во внедрении комплекса программных средств «Портал Морской порт», призванного создать единую информационную среду государственных контрольных органов и участников ВЭД и обеспечить их переход на электронный документооборот при перевозке товаров морским транспортом.
С 2015 года Южное таможенное управление включилось в эксперимент по декларированию транзита в электронной форме. Первая в России элетронная транзитная декларация была подана в Новороссийской таможне.
Важной составной частью технологии электронного декларирования, доля которой в настоящее время в таможенных органах ЮТУ составляет 99,99%, является другая технология – удаленного выпуска. Особое значение в развитии данной технологии имеют центры электронного декларирования (ЦЭД), реализующие свою деятельность исключительно в рамках технологии удаленного выпуска. В настоящее время в ЮТУ функционирует 3 ЦЭД (в Астраханской, Краснодарской и Ростовской таможнях). С 1 июня 2016 года таможенные посты Астраханской таможни включены в перечень таможенных органов, участвующих в эксперименте по концентрации таможенного декларирования в центрах электронного декларирования.
В рамках применения технологии удаленного выпуска взаимодействие происходит с таможенными постами таможен региона, а также с таможенными постами в регионах деятельности других региональных таможенных управлений и таможен непосредственного подчинения.
Значительный вклад в развитие технологии удаленного выпуска товаров и реализацию концепции приграничного оформления товаров вносят таможенные органы, расположенные на таможенно-логистических терминалах. В регионе деятельности Южного таможенного управления действует четыре таможенно-логистических терминала: «Новошахтинский», созданный на базе СВХ ООО «Южные Транспортные Линии» (Ростовская таможня, Несветайский таможенный пост), «Донецкий», созданный на базе СВХ ООО «РОСТЭК-Интер» (Миллеровская таможня, Краснянский таможенный пост), «Матвеевокурганский», созданный на базе СВХ ООО «ТЛТ-Юг» (Таганрогская таможня, Таганрогский таможенный пост), «Крымский-2», созданный на базе СВХ ООО «Крымский таможенный терминал» (Краснодарская таможня, Крымский таможенный пост).
На сегодняшний день все таможенные органы ЮТУ, правомочные регистрировать декларации на товары, осуществляют авторегистрацию деклараций при помещении товаров под таможенные процедуры экспорта, выпуска для внутреннего потребления и беспошлинной торговли, а также производят автоматический выпуск товаров, помещаемых под таможенные процедуры экспорта, и выпуска для внутреннего потребления.